停薪留职期间社保缴纳主体，法律层面有明确依据。《中华人民共和国社会保险法》第六十条规定：“用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。” 尽管停薪留职期间员工未正常劳动、未领工资，但劳动关系仍存续，单位仍需代扣代缴个人社保部分。不过，实践中若双方无约定，单位应承担法定单位部分社保费用；若约定员工承担全部，则按约定。因此，社保缴纳遵循“法定基础上约定优先”原则，无特殊约定时单位仍需承担单位部分。
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处理停薪留职社保问题，需避免常见错误操作，以免权益受损。
1、未签书面协议：仅口头约定社保，无书面证据，单位反悔或分歧时难维权，可能导致社保断缴。
2、轻信口头承诺：员工轻信单位“帮忙缴纳”，未核实，社保断缴后补缴难，影响医疗、养老待遇。
3、自行停缴：员工误以为单位会停缴或无工资就自行停缴，未协商，导致缴费年限中断，影响养老金和医保资格。若已犯错或担心问题，建议尽快补救，可咨询我为您解答具体解决办法，避免权益受损。
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停薪留职社保缴纳有特殊情形需注意，会影响处理结果：
1、协议明确单位承担全部社保：双方约定停薪留职期间社保（含单位和个人部分）全由单位承担，单位需全额缴纳，否则员工有权要求补缴。
2、双重劳动关系：员工未解除原劳动关系，又在新单位工作形成事实劳动关系，新单位需缴纳社保，可能出现社保重叠冲突，需与两家单位协商明确缴纳主体和方式。
3、地方特殊政策：部分地区对停薪留职社保有特殊规定（如国企与民企不同，或特定行业有额外要求），优先于一般约定，影响责任划分和操作。
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停薪留职社保处理不当，可能面临法律风险，影响权益：
1、单位未按约定缴纳：协议约定单位承担社保，但单位因经营困难或故意拖延，导致员工社保断缴，无法享受医保报销、养老保险年限中断。
2、协议约定不明确：仅约定“员工承担社保”，未明确是个人部分还是全部，单位可能主张仅个人部分，员工认为需全部，双方因责任划分不清产生纠纷，影响社保正常缴纳。

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