员工自动离职被公司扣工资时，可能面临以下法律风险点，为您具体说明：
1、诉讼时效风险：若员工在知道扣工资后1年内未通过投诉、仲裁等方式维权，将超过劳动争议仲裁时效，无法通过法律途径追回工资。例如，员工离职2年后才想起维权，申请仲裁可能因超时效被驳回。
2、证据链风险：若员工无法提供充分证据证明扣工资事实、工资标准及工作时间等，维权时将处于不利地位。比如，员工未保存工资条和劳动合同，仅口头主张公司扣工资，而公司否认，最终可能因证据不足维权失败。
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员工自动离职后公司扣工资，其合法性及处理方式需结合具体情况判断：
自动离职后，用人单位不得无故扣发工资。不同情形下处理结果不同：
1. 若员工按约定或法定提前通知并完成工作交接后离职，公司扣工资属违法，员工有权要求足额支付。
2. 若员工未提前通知擅自离职，给公司造成实际经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条要求赔偿，每月扣除部分不得超员工当月工资20%，且剩余工资不低于当地月最低工资标准。
3. 若公司无法证明员工离职造成实际损失，仅以离职为由扣发工资属违法，员工可通过法律途径追回被克扣工资。
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员工自动离职被公司扣工资的处理，还可能受以下特殊情形影响：
1、未完成工作交接：若员工离职时未完成工作交接，给公司造成实际经济损失，公司可依法从工资中扣除赔偿费用，但扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这种情况下，公司扣工资有合法依据，员工追回全部克扣工资的诉求可能受影响。
2、违约金条款有效：若劳动合同中约定了员工自动离职需支付违约金，且条款合法，公司可能从工资中扣除违约金，但金额需符合法定标准。此时公司扣工资行为部分合法，员工仅能追回扣除违约金后的剩余工资。
3、招聘培训费用损失：若公司能证明因员工离职产生合理招聘费用，或员工未履行服务期约定导致专项培训费用损失，公司可要求赔偿并从工资中扣除，这也会影响自动离职扣工资的处理结果。
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员工自动离职被公司扣工资时，需避免以下错误操作行为：
1、忽视证据收集：部分员工未及时收集保存劳动合同、工资条、沟通记录等证据，导致维权时无法充分举证，影响维权效果。
2、采取过激行为：情绪激动时采取到公司吵闹、损坏财物等过激行为，不仅无法解决问题，还可能因违反治安管理规定承担法律责任。
3、超过维权时效：劳动争议仲裁时效为1年，从知道或应当知道权利被侵害之日起算。超时效申请仲裁可能丧失胜诉权，无法追回克扣工资。
若您在处理自动离职扣工资问题时不确定如何操作，建议及时向我咨询，我会为您提供解答，避免因错误操作导致权益受损。

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